단일세포 공간 전사체학 기반의 종양미세환경 내 대사체 변화 바이오마커 발굴

단일세포 공간 전사체학을 이용하여 종양미세환경(TME) 내 다양한 세포 유형별 대사체 변화를 동시에 분석함으로써 새로운 바이오마커를 식별하는 방법론이다.

분석 워크플로우

• 공간적 맥락 유지: 조직 슬라이드 상에서 세포의 위치 정보를 유지하며 mRNA 발현 프로파일링 수행.
• 대사체 연관성 확립: 해당 위치의 세포에서 검출된 전사체 정보와 알려진 대사 경로를 비교 분석하여 기능적 상태 추론.
• 패턴 기반 바이오마커 추출: 특정 대사 스트레스 반응(예: 젖산 축적, TCA 회로 변화)을 보이는 세포 클러스터를 정의하고, 이에 특이적인 유전자 발현 패턴을 바이오마커 후보군으로 선정.

이 접근법은 전통적인 bulk 분석의 한계를 넘어, TME 내 면역세포나 암세포 자체의 미세한 대사적 변화를 잡아내는 데 필수적이며, 면역항암치료 표적 발견에 중요한 정보를 제공한다. 오믹스 통합 분석과의 결합이 효율성을 높인다.